การจัดลำดับจีโนม — การทำแผนที่ลำดับพันธุกรรมของไวรัสจากกรณีที่ได้รับการยืนยันว่าติดเชื้อไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ (COVID-19) เพื่อติดตามการแพร่กระจาย บัดนี้เป็นส่วนสำคัญของการตอบสนองไวรัสโคโรนาของนิวซีแลนด์ ให้ความมั่นใจมากขึ้นในการระบุคลัสเตอร์และช่วยเน้นการสืบสวนของผู้ตามรอยผู้สัมผัส ตรงกันข้ามกับการระบาดครั้งแรก ซึ่งมีเพียง 25 ตัวอย่างจากทั้งหมด 1,000 ตัวอย่างที่เป็นบวกเท่านั้นที่ได้รับการจัดลำดับพันธุกรรมภายในกลางเดือนเมษายน ขณะนี้ผลการจัดลำดับจีโนมมีให้ใช้
งานในชั่วข้ามคืน และบางครั้งก็เป็นวันเดียวกัน ซึ่งช่วยให้เจ้าหน้าที่
สาธารณสุขสามารถอนุมานความเชื่อมโยงระหว่างกรณีต่างๆ หรือระบุแหล่งที่มาของการติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นได้ทันท่วงทีกว่าแต่ก่อน จนถึงตอนนี้ เทคนิคดังกล่าวได้ยืนยันว่าผู้ติดเชื้อระลอกที่ 2 ของโอ๊คแลนด์ล้วนเป็นส่วนหนึ่งของคลัสเตอร์เดียวกัน ยกเว้นกรณีหนึ่งที่ระบุเมื่อวันอังคารซึ่งติดเชื้อไวรัสผ่านการสัมผัสกับผู้เดินทางกลับจากสหรัฐฯ
แต่ถึงแม้เราจะพัฒนาความรู้อย่างรวดเร็ว แต่เราก็ยังไม่รู้ว่าการระบาดในปัจจุบันเริ่มต้นอย่างไรและที่ไหน
เทคโนโลยีการจัดลำดับได้แสดงคุณค่าในสามวิธีที่แตกต่างกัน นับตั้งแต่การระบาดครั้งใหม่นี้ได้รับการยืนยันเมื่อสัปดาห์ที่แล้ว
ประการแรก ระบุกรณีใหม่ที่ไม่มีลิงก์ไปยังคลัสเตอร์ชุมชนปัจจุบัน พนักงานซ่อมบำรุงที่โรงแรม Rydges จัดการสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับแยกเชื้อและตรวจพบเชื้อในวันอาทิตย์ เมื่อวันอังคารที่ผ่านมา ผลการตรวจหาลำดับพบว่ากรณีนี้ไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของคลัสเตอร์ที่กว้างขึ้น แต่พบว่าลำดับพันธุกรรมตรงกับลำดับพันธุกรรมของผู้เดินทางกลับจากสหรัฐฯ ซึ่งพักอยู่ที่เดอะริดจ์ก่อนที่จะตรวจพบเชื้อและถูกย้ายเข้าสู่การกักกันโรค
หากไม่มีการจัดลำดับจีโนมอย่างรวดเร็ว เครื่องมือติดตามการติดต่อจะต้องใช้ความพยายามอย่างมากในการค้นหาลิงก์ไปยังคลัสเตอร์ที่รู้จัก ตอนนี้งานของพวกเขามุ่งเน้นไปที่การค้นหาว่าคนงานติดเชื้อได้อย่างไรและดูว่ามีกรณีใดอยู่ระหว่างกลางหรือไม่
การติดตามผู้สัมผัสเป็นเครือข่ายที่กว้าง หากพบผู้ติดเชื้อในโรงเรียน โบสถ์ หรือที่ทำงานขนาดใหญ่ อาจต้องตรวจคนหลายร้อยคน หลักฐานทางจีโนมสามารถบอกเราได้ว่าผู้สัมผัสรายใดที่ได้รับการทดสอบในเชิงบวกในภายหลังนั้นเป็นส่วนหนึ่งของคลัสเตอร์เดียวกันจริง ๆ หรือว่ามีการติดเชื้อที่อื่นหรือไม่ เมื่อเรามองย้อนกลับไปที่การติดเชื้อระลอกแรก หลายๆ เคสที่ถูกกำหนดให้อยู่ในคลัสเตอร์เดียวกันนั้นไม่
เกี่ยวข้องกับพันธุกรรมแต่อย่างใด การแสดงการติดตามผู้สัมผัส
เพียงอย่างเดียวไม่ปลอดภัย ประการที่สาม มีบางกรณีที่การติดตามผู้สัมผัสทำให้เกิดความเชื่อมโยงที่ไม่แน่นอนระหว่างผู้คน แต่การจัดลำดับยืนยันว่าพวกเขาเป็นส่วนหนึ่งของคลัสเตอร์เดียวกัน
กำลังมองหาแหล่งที่มา
จนถึงตอนนี้ จีโนมิกส์ได้ให้ข้อมูลที่มีค่ามากมายเกี่ยวกับการติดเชื้อรอบปัจจุบันของนิวซีแลนด์ แต่ยังไม่ได้ระบุต้นตอของการระบาดระลอกที่สองนี้ อย่างไรก็ตาม มันได้ให้เงื่อนงำบางอย่าง
มันบ่งชี้ว่าคลัสเตอร์ปัจจุบันมาจากสิ่งที่เรียกว่า สายเลือด B.1.1.1ซึ่งได้รับการบันทึกบ่อยที่สุดในสหราชอาณาจักร แต่ล่าสุดพบในยุโรป ออสเตรเลีย และแอฟริกาใต้ เชื้อสายนี้เคยพบมาก่อนในนิวซีแลนด์ 2 รายในกลางเดือนเมษายนซึ่งอยู่อย่างโดดเดี่ยวที่มีการจัดการในโอ๊คแลนด์
สิ่งนี้ชี้ให้เห็นถึงสองสถานการณ์ที่เป็นไปได้ ระลอกที่สองเกิดจากการรุกรานชายแดนเมื่อเร็ว ๆ นี้จากประเทศที่มีการแพร่กระจายของเชื้อไวรัสนี้ หรืออีกทางหนึ่งคือเป็นผลมาจากการแพร่เชื้ออย่างต่อเนื่องในนิวซีแลนด์โดยเริ่มจากคู่ที่ระบุในเดือนเมษายน
ประเด็นสำคัญ: เหตุใดนิวซีแลนด์จึงต้องให้ความสำคัญกับการจัดลำดับจีโนมเพื่อติดตามแหล่งที่มาของการระบาดของโรคโควิด-19 ครั้งใหม่
เรามาแก้ไขกันทีละข้อ เริ่มจากทฤษฎีการบุกรุกชายแดนล่าสุด
ไวรัสสามารถแพร่เชื้อได้ในสถานที่แยกที่มีการจัดการ ดังเช่นกรณีโรงแรม Rydges ล่าสุดที่ขีดเส้นใต้ ประมาณ 40% ของกรณีที่พบในโรงงานที่มีการจัดการไม่มีลำดับจีโนมที่พร้อมใช้งาน เนื่องจากตัวอย่างมีสารไวรัสน้อยเกินไป สิ่งนี้มักจะบ่งชี้ว่ามีปริมาณไวรัสต่ำ (และระดับการติดเชื้อต่ำ) แต่ไม่ได้ตัดการแพร่เชื้อ แหล่งที่มาอาจเป็นหนึ่งในกรณีเหล่านี้
เราไม่สามารถแยกแยะความเป็นไปได้ที่จะตรวจไม่พบกรณีและปัญหาในการแยกเดี่ยวที่มีการจัดการหรือที่อื่น ๆ ที่ชายแดน แม้แต่การทดสอบสองครั้ง (ปัจจุบันในวันที่สามและ วันที่ 12 ของการกักกัน) ก็คาดว่าจะพลาดเคสอย่างน้อย 4% โดยพิจารณาจากอัตราการติดลบที่ผิดพลาดซึ่งดีที่สุดคือ 20% อัตราการติดลบเท็จที่สูงนี้เป็นเหตุผลหนึ่งที่ยืนยันในการแยกตัว 14 วัน
ต่อไป เรามาดูความเป็นไปได้ของการแพร่ระบาดอย่างต่อเนื่องในนิวซีแลนด์ตั้งแต่เกิดการระบาดครั้งแรก เมื่อพบการจับคู่จีโนมที่ใกล้เคียงกัน เราจึงไม่สามารถยกเลิกความเป็นไปได้นี้ได้ทั้งหมด แต่ทฤษฎียังขึ้นอยู่กับข้อสันนิษฐานที่ไม่น่าเป็นไปได้: การติดเชื้อรั่วไหลออกมาจากการแยกตัวที่มีการจัดการ ถูกส่งโดยตรวจไม่พบประมาณ 15 ชั่วอายุคนจนกระทั่งถูกพบในที่สุด และกลายพันธุ์ค่อนข้างช้าในช่วงเวลานั้น
ฟังดูไม่เหมือนกับไวรัสที่แพร่ระบาดอย่างรวดเร็วและรุนแรงที่เราคิดว่าเรารู้จัก แม้ว่าจะเป็นเรื่องจริงที่ระยะเริ่มต้นของการเติบโตของการระบาดอาจเป็นไปอย่างช้าๆ
เว็บแท้ / ดัมมี่ออนไลน์
